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明清两代在内科方面的有关著作很多。
明代的内科继承了宋元医家的学术成绩并有所发展。如薛己的《内科摘要》（1529）在学术思想上受了李杲（李东垣）善于温补的影响。虞抟的《医学正传》则发展了朱震亨的学说，对后世的影响也很大。后来，明·王纶在《明医杂著》中曾指出：外感法仲景，内伤法东垣，热病用完素，杂病用丹溪。这是对其时内科学术思想一个很好的总结。清代尤在泾的《金匮翼》（1768）很切实用，其中对中风症的叙述很详细。《注解伤寒论》详细对伤寒论进行注解，林佩琴的《类证治裁》（1839）是以内科为主的著作，对内、外、妇、杂病的病因和脉证辨治有概要论述，详细分析各类病的重点证候，介绍治法和应用方剂，并广泛采纳各家之长，附有医案，在临证上有一定的参考价值。
这一时期还有不少有关中风、痨瘵、疟疾等内科病专著出现。特别值得提出的是清代医家王清任的著述和业绩。
王清任（字勋臣，1768～1831），河北玉田人，著有《医林改错》（1830）。他强调了解脏腑对于医生的重要性，并大胆提出对古籍中有关解剖方面记载的怀疑。为此，他曾在滦州义塚亲自观察了三十多具儿尸，发现古书所绘脏腑图形与实际有不少不相符合之处。今后他又在奉天和北京三次去刑场观察尸体，并参考了许多牲畜内脏，将四十二年间实地所见绘制成“亲见改正脏腑图”，连同他的其它有关医学论述，一并收录于《医林改错》中。他通过亲身观察，对人体内脏的认识，确有新的发现，并订正了前人的一些错误。别的，他在著述中还论述了不少内科疾患，特别是他根据对于气血的理解，论述了血瘀之症和其它有关杂证，创用了一系列的补气活血逐瘀方剂，如血府逐瘀汤、补阳还伍汤等等，不但对其后的医家有较大影响，直到今日，仍有相当实用价值，很值得进一步加以研究。
